Uma das atrações mais impactantes para quem gosta de visitar museus, em Taubaté, vem da ideia, pesquisa e implantação de um médico e cientista paleontólogo brasileiro. Dr. Herculano Alvarenga é considerado um dos principais estudiosos de aves extintas do mundo. Nos anos de 1976 a 1978, ele descobriu, restaurou e estudou o esqueleto quase completo de uma gigantesca ave fóssil, que após estudá-la, batizou com o nome de Paraphysornis brasiliensis.
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Em 27 de novembro de 2000, com a ajuda de amigos, pesquisadores e colaboradores, Alvarenga instituiu a Fundação de Apoio à Ciência e Natureza (FUNAT), para a qual passou todo o seu acervo, acompanhado de um estatuto cuidadosamente elaborado, com a finalidade única da criação do Museu de História Natural de Taubaté Dr. Herculano Alvarenga.
A Prefeitura ofereceu apoio e um prédio para dar início aos trabalhos do museu. Em 02 de julho de 2004 foi inaugurado o Museu, que tem como símbolo o Paraphysornis, que viveu nesta região há cerca de 23 milhões de anos.
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